多年投訴無果
2005年、2007年、2009年和2010年，均爆出哈藥總廠刺鼻氣味影響周邊居民的消息。哈藥方面雖屢次稱即將解決問題，但居民投訴卻一直不斷。
早在2005年5月《黑龍江日報》的報道中，就稱“哈藥集團制藥總廠的氣味污染一直是其周邊群眾關注的熱點，環保部門每年接到的投訴很多，也是人大、政協提案重點問題”。
報道稱，2004年，哈藥總廠針對上述問題投資400萬元在全國征集篩選治理方案，并對群眾反映大的一廠污水處理廠硫化氫氣體進行了綜合治理。哈藥總廠有關人士還表示：“經過長時間的治理，目前制藥總廠排放的氣味濃度完全符合國家標準，現在排放的氣味對人體沒有危害。”
盡管環保部門多次要求哈藥總廠限期進行異味治理，但由于哈藥總廠處于哈爾濱城市的上風向，加之其治污系統始終不能徹底解決問題，周邊居民的投訴始終沒有中斷過。2007年環保部門稱，哈藥總廠對異味污染進行了深度治理，已取得了初步成效。
然而此后的2009年、2010年仍然不斷有居民投訴，當地媒體也有大規模的報道。
被令停產減產
因為目前哈藥總廠的污水處理設備還在檢修，環保部門已經嚴令哈藥總廠對產品進行停產或減產，通過這種方式，降低排出廢水的污染濃度。彭旭說，101車間的TDA產品全部停產，107車間的頭孢四號六號已經停產，104車間的HR756和121車間的頭孢曲松月減產12噸……
