據韓國媒體7月9日報道，韓國和美國當局正在就韓亞航空客機在舊金山失事的具體原因展開聯合調查，但雙方就事故原因存在一定程度的意見分歧。美方間接將事故原因指向駕駛員操作不熟練，而韓方則認為不應夸大事實。

當地時間7月8日，美國國家運輸安全委員會(NTSB)主席德布拉?赫斯曼在舊金山舉行記者會稱，目前正在對失事客機的駕駛員展開重點調查，調查范圍涉及到他們的駕駛方法、訓練過程及駕駛經驗等。這意味著美方把駕駛員操作失誤的可能性作為調查重點。

NTSB連續兩天在記者會上以對失事客機的飛行數據記錄器(FDR，俗稱“黑匣子”)的初步分析為依據，公布了各時間段的飛機飛行高度和速度。在事故發生34秒前，飛機飛行速度與著陸目標時速245公里沒有太大差距，但在接近跑道時飛機時速驟降，不屬于正常飛行。

但部分專家認為，對黑匣子的分析工作還沒有完全結束的情況下就公布詳細內容并非常情。據韓國國土交通部消息，美方對黑匣子的讀取工作還處于初級階段。韓國一位大學教授表示，讀取黑匣子常常要花幾個月，甚至是2年以上的時間。從事故發生的第二天起美方就公布調查結果是很不尋常的。這會讓人覺得是在把事故原因定格為駕駛員操作失誤。另一位航空專家也表示，為了準確分析事故原因，除了黑匣子之外，還應該對飛行員與機場控制塔之間的對話錄，有關人士的陳述等進行調查，有必要的話還應該對黑匣子不能記錄的儀表盤缺陷等所有可能性進行調查，只拿初步分析就公布結果是不常見的。